Script R : comment débuter, l'utiliser et l'exécuter ?

Le système d'exploitation R se compose d'un script du même nom. L'utilisation du script R a été facilitée par l'introduction de l'application RStudio, un environnement de développement intégré dont le but est de faciliter le travail des développeurs qui codent en R. Sur RStudio, l'utilisateur peut organiser ses actions de programmation, notamment l'exécution des différents scripts.

L'utilité du script R

Le script R est un fichier texte qui contient toutes les opérations d'une analyse statistique dans l'ordre : par exemple, le chargement des données à analyser, puis le recodage, la manipulation des données brutes, l'application de calculs appropriés à l'analyse et, enfin, l'export des résultats.

Exécuter un script R dans un RStudio ou dans un logiciel texte standard est utile pour apporter des changements rapides et réaliser plusieurs analyses en conservant la même configuration de données.

Comment exécuter un script R ?

La méthode d'exécution d'un script R dépend de l'interface de programmation. Si le code est développé dans RStudio, le développeur n'a alors qu'à surligner une commande de code et à cliquer sur « Run » dans l'interface de l'application. Il peut également cliquer sur la touche « Entrée » de son clavier s'il est sur Mac ou sur « CTRL » et « Entrée » s'il programme depuis un PC Windows.

En revanche, si le script R est contenu dans un simple fichier texte, la manipulation est différente. Il faut alors utiliser le code suivant pour exécuter le script manuellement :

source(‘chemin/absolu/commandes.R’)

Sur le système d'exploitation Windows, la commande « Source » peut être indiquée au système en cliquant sur « Fichier », puis sur « Sourcer un fichier ».

Comment programmer en R ?

Pour programmer en R, il est désormais vivement recommandé d'utiliser l'application RStudio.

Quelle que soit l'interface de programmation utilisée, développer en R demande de bien comprendre la notion d'« objet ». Les objets sont les éléments que le développeur en R manipule. Il peut s'agir de vecteurs, de matrices, de variables ou encore de fonctions statistiques. R intègre plusieurs types atomiques ou modes d'objets, parmi lesquels :

• « null », qui représente le vide.
• « logical », un objet booléen qui comprend seulement 2 valeurs : « true » (vrai) ou « false » (faux).
• « numeric », qui sert à indiquer des valeurs numériques telles que des nombres entiers, décimaux ou réels.
• « complex », un mode d'objet conçu pour les nombres complexes.
• « character », une catégorie d'objet servant à établir des chaînes de caractères et à mettre en forme du texte.

Pour programmer en R, il faut donc utiliser à bon escient ces différents types atomiques, mais aussi respecter les types de nombres admis par le langage R, à savoir « integer », « double » et « complex ».

Lors d'une session de programmation en R, il est possible d'évaluer des lignes de commande de manière immédiate, par exemple de la manière suivante :

>2+3

[1]5

Le développeur peut aussi créer des objets qui contiennent le résultat de son calcul ou de sa fonction statistique. Ces derniers seront alors stockés dans son espace de travail sur RStudio, de manière à ce qu'il puisse les retrouver facilement. La création d'un objet en R peut être représentée comme suit :

> x <-exp(2)

> x

[1]7.389056

À la fin d'une session de programmation, le développeur doit réaliser une sauvegarde de l'image de son espace de travail grâce à la commande suivante : >save.image().

Cette opération lui permet de créer un fichier contenant toutes les données R (nommé .RData), qui sera exécuté lors des prochains lancements de R.

Pour aller plus loin et sauvegarder non seulement les objets utilisés lors de la programmation, mais aussi le code ayant servi à les créer, les concepteurs peuvent enregistrer les différentes commandes R : ce sont des scripts. Par la suite, il suffit de copier le code du fichier de script pour réutiliser les mêmes commandes et manipuler les données plus facilement.

En complément, les fonctions R sont utiles pour regrouper plusieurs instructions au sein d'une même commande. Ces fonctions se rédigent avec la syntaxe suivante :

ma_fonction = function(parametre1, parametre2) {

#Code à exécuter

return(resultat)

}

Le langage R comprend quelques fonctions incontournables, telles que « typeof », « print », « is.na », « as.logical » ou « bultin ». Il est conseillé de les enregistrer dans un fichier sommaire afin de pouvoir les utiliser lorsque cela est nécessaire. Les fonctions statistiques basiques peuvent aussi être intégrées aux commandes de programmation en R.

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